http://ws.g-language.org/wiki/ 2009-04-16T17:01:31+09:00 http://ws.g-language.org/wiki/ http://ws.g-language.org/wiki/lib/images/favicon.ico text/html 2009-04-02T22:58:21+09:00 http://ws.g-language.org/wiki/%E3%83%9E%E3%82%B7%E3%83%B3%E3%81%B8%E3%81%AE%E8%B2%A0%E8%8D%B7%E3%82%92%E8%80%83%E6%85%AE%E3%81%97%E3%81%9F%E3%83%97%E3%83%AD%E3%82%B0%E3%83%A9%E3%83%9F%E3%83%B3%E3%82%B0%E6%B3%95?rev=1238680701&do=diff PCクラスタの記憶領域特性 　科学計算用PCクラスタ環境では、一般的に長期記憶領域とユーザ管理を共通にするために、NISとNFSを導入する。これにより、共通のログイン名とパスワードで、どのコンピュータにログインしても同一のホームが使えるという利点がある。 text/html 2007-10-02T04:52:46+09:00 http://ws.g-language.org/wiki/bacteriaanalysissystemenglish?rev=1191268366&do=diff BAS is a collection of perl modules that facilitate the development of perl scripts for bio-informatics applications. This document is a tutorial for BAS. In order to take advantage of BAS, all you have to do is change a few setup. Let's take an example. (1) Open the configuration file[BAS.conf] text/html 2008-04-14T15:57:46+09:00 http://ws.g-language.org/wiki/biomobyenglish?rev=1208156266&do=diff You can search for web services by help -w in G-language Shell, just like searching for other documentations. For example, searching for web services related to KEGG gives the following: G > help -w kegg Found keyword "kegg" in the following web services (13 hits). RINGStest : Testing the query for a KEGG Glycan ID given a KCF... convertIdentifier2KeggID : This service consumes an identifier from the follo... convertKeggGeneId2PDBId … text/html 2008-04-14T16:32:42+09:00 http://ws.g-language.org/wiki/biomobyjapanese?rev=1208158362&do=diff help -w で他のドキュメントと同じように、ウェブサービスを検索できます。 例えばKEGG関連のウェブサービスなら、 G > help -w kegg Found keyword "kegg" in the following web services (13 hits). RINGStest : Testing the query for a KEGG Glycan ID given a KCF... convertIdentifier2KeggID : This service consumes an identifier from the follo... convertKeggGeneId2PDBId : This service consumes an identifier under the KEGG... convertKeggGeneId2ProtId : This service consumes an identi… text/html 2009-04-02T22:58:21+09:00 http://ws.g-language.org/wiki/bluebird?rev=1238680701&do=diff 概要 　コンプリートゲノムの解析においてはその性質上全塩基配列とアノテーションをRAMに取り込んで作業することが不可欠となる。しかし、RAMの容量は常に限られたものであり、総容量１GBを超えるヒトゲノムのような巨大なゲノムの解析において、そして比較ゲノム解析においては全てをRAMに取り込むことは現実的ではない。一方、version 1 の new G() における"long sequence"オプションのように仮想メモリを使い段階的に使用する領域だけRAMに取り込む手法はその為に既存のプログラムの書き換えを必要とし、G-language GAEではOdysseyの百を超えるメソッドを利用できないという問題に直面する。… text/html 2009-03-23T13:12:57+09:00 http://ws.g-language.org/wiki/changelog?rev=1237781577&do=diff Optimization work in progress list v.1.8.9 in development * changed set_operon() to support DOOR database instead of ODB. * optimized G::Seq::Align * optimized G::Seq::AminoAcid * added msg_datafile() * added opt_inputType() v.1.8.8 2009.03.14 * fixed genome_map2() and plasmid_map() SVG generation. * added readFile() and writeFile(). see help for details. * updated $gb->intergenic() to include stable RNA genes as genetic elements, and modified genomicskew() accordingly.… text/html 2009-03-25T23:11:46+09:00 http://ws.g-language.org/wiki/documents?rev=1237990306&do=diff AJAX Document Center <http://ws.g-language.org/gdoc/> Double click on an entry to see its documentation. Introduction to G-language GAE English Japanese GCskew Basics English Japanese GCskew Advanced English Japanese GCskew Developer's Guide English Japanese Codon usage English Japanese Bacteria analysis system English Japanese Learning Perl for genome analysis English Japanese Using BioMOBY with G-language GAE English Japanese Main API Engli… text/html 2008-04-14T16:25:42+09:00 http://ws.g-language.org/wiki/gcskewanalysisjapanese?rev=1208157942&do=diff チュートリアル初級では GC skew の解析を、既存のメソッドを利用することで簡単に行えることを説明しました。この中級編では実際にG-language GAEを用いて、GC skewの解析をする方法について説明します。 text/html 2008-04-14T16:29:41+09:00 http://ws.g-language.org/wiki/gcskewodysseyjapanese?rev=1208158181&do=diff 自分の解析の為に作ったサブルーチンであっても、G-language GAE では簡単にこれをG-language 標準解析関数に変換することができます。重複した解析ソフト開発はバイオインフォマティックスの発展を阻害するものであり、さまざまな解析手法を一つの場に集めるという意味でもG-language GAEの関数として解析手法を蓄積することには大きな意義があります。もちろん、あなたが作った解析手法を世界中の研究者が使うという可能性だけでも新鮮であることはいうまでもありません。 そこで、ここでは先程作成したGC skew のサブルーチンを標準関数化してみることにしましょう。… text/html 2009-03-26T23:34:45+09:00 http://ws.g-language.org/wiki/home?rev=1238078085&do=diff The G-language Genome Analysis Environment is a generic genome analysis environment aiming to: * Construct an integrated environment for the development of analysis software. * Systematically accumulate existing analysis software methodologies for analysis and their results. * Construct generic analysis packages that allow users to avoid redundancy in the process of analysis. text/html 2009-04-02T22:58:21+09:00 http://ws.g-language.org/wiki/inspire?rev=1238680701&do=diff 概要 　従来のアプリケーションのグラフィカルユーザインタフェース（GUI）は、OS依存のAPIやGTK+、Motif、Tkなどのライブラリを用いて作られている。このため、GUIの開発においては開発者は使用するAPIを熟知している必要があり、高度なプログラミング能力が期待される。また、APIに強く依存するため、どうしても特定プラットフォームに依存してしまい移植性が低くなる。… text/html 2008-04-14T16:17:19+09:00 http://ws.g-language.org/wiki/introductiontog-languageenglish?rev=1208157439&do=diff What is G-language GAE? G-language Genome Analysis Environment (G-language GAE) is a generic bioinformatics package developed since 2001 mainly by Institute for Advanced Biosciences, Keio University. At the moment more than 200 analyses program are included, with graphical user interface to make analysis easier. Also G-language GAE can be used as modules for Perl and has its own shell, making it very powerful for expansion. text/html 2008-04-14T16:15:34+09:00 http://ws.g-language.org/wiki/introductiontog-languagejapanese?rev=1208157334&do=diff 初めて一つの生物の完全ゲノム配列が決定された1994年からわずか10年あまりで，ゲノムの配列決定技術は飛躍的な進歩を遂げ，今ではヒトを含む数百種もの生物のゲノム情報が誰でもインターネットで入手できるようになっています． National Center for Biotechnology Information (NCBI) のGenBankデータベースに登録されている塩基配列情報はこれまでに指数関数的な増加を見せており，シーケンス技術の目覚ましい発展を見る限り，今後もこの勢いはとどまることがなさそうです．ゲノム配列決定とともに，網羅的データはトランスクリプトーム，プロテオーム，メタボローム，インタラクトームなど多岐に渡る階層で急速に蓄積されてきていますが，これらの定量データは生物学につきものである実験誤差や測定ノイズをある程度は含んでしまっており，擬陽性データを省き，扱うデータの信頼性を保つために，統計的なデータの前処理が必要になっています．また，これらのデータは網羅的とはいっても，完全に網羅していることは稀です．当然これらのデータが重要であることは間違いないですが，ゲノム情報は全遺伝… text/html 2009-04-02T22:58:21+09:00 http://ws.g-language.org/wiki/nismo?rev=1238680701&do=diff 概要 　インターフェースは以下の４つ。 　1. ライブラリーとして 　2. インタプリタ経由 　3. Inspireクライアント　（スタンドアローンGUIアプリケーション） 　4. Webアプリケーション text/html 2009-03-15T02:36:57+09:00 http://ws.g-language.org/wiki/optimization?rev=1237052217&do=diff optimized lib/G/IO/FastaI.pm deprecated lib/G/System/BAS.pm lib/G/System/CHI.pm lib/G/System/COMGA.pm lib/G/System/FuncD.pm lib/G/System/GEMS.pm lib/G/System/ReL8.pm lib/G/SystemsBiology/BioLayout.pm lib/G/SystemsBiology/Interaction.pm lib/G/SystemsBiology/KEGG.pm lib/G/Tools/Literature.pm lib/G/Tools/Mapping.pm lib/G/Tools/Blast.pm lib/G/Tools/Cap3.pm lib/G/Tools/Fasta.pm lib/G/Tools/HMMER.pm lib/G/Tools/Repeat.pm lib/G/Tools/SIM4.pm text/html 2009-03-30T22:57:11+09:00 http://ws.g-language.org/wiki/publications?rev=1238421431&do=diff Book about G-language System * "Learning Bioinformatics with Open Source Software", (in Japanese), Japan Open Bioinformatics Research Group, Tokyo Denki University Press, 2008, (ISBN4501622601) Amazon.co.jp. Publication about G-language System * "G-language Genome Analysis Environment: a workbench for nucleotide sequence data mining", Arakawa K, Mori K, Ikeda K, Matsuzaki T, Kobayashi Y, Tomita M, Bioinformatics, 2003, 19(2):305-306 (PubMed) text/html 2009-04-02T22:58:21+09:00 http://ws.g-language.org/wiki/rdb?rev=1238680701&do=diff sandy: /home/t98901ka/gbk2pg/ のPreludeのユーティリィティを用いて作成された。 sandyでデータベース名 genbank にて参照できる他、Web InterfaceによりSQLでも検索ができる。 現在 ecoli_MG1665 ecoli_O157usa ecoli_O157jpn text/html 2009-04-01T23:03:04+09:00 http://ws.g-language.org/wiki/rest?rev=1238594584&do=diff Base URL * <http://rest.g-language.org/> * <http://useG.jp/> (this URL forwards to the above) genome flatfile access list of available genomes * <http://rest.g-language.org/organism_list/> Syntax http://rest.g-language.org/[genome]/[gene]/[feature] text/html 2007-08-16T23:49:17+09:00 http://ws.g-language.org/wiki/screenshots?rev=1187275757&do=diff text/html 2009-04-01T15:36:42+09:00 http://ws.g-language.org/wiki/sidebar?rev=1238567802&do=diff * Home * Software / Download * Changelogs * Mailing Lists * Development * Screenshots * REST Web Service * Documentations * AJAX Document Center * Publications * Posters * Gallery * Institute for Advanced Biosciences * GEM System * GenomeProjector * Microarray Visualization System * MEGU:Pathway Visualization System * Restauro-G:Reannotation System * cDNA Analysis Package * SPLITS:tRNA search for Archaea * E-Cell Simulation Environment *… text/html 2009-04-02T22:58:21+09:00 http://ws.g-language.org/wiki/skyline?rev=1238680701&do=diff 概要 　version 1のコアはSubOptやMessengerを除けばG.pmのみという一枚岩の構造になっていた。データベースのIOはGenBank主体であり、その他についてはBioperlに依存していた。データベースを操作するための基本関数セットはゲノム解析に特化しており、他の分野のデータベースを導入するのは困難であった。このため、Skylineでは根本的に設計を練り直した。新しいアーキテクチャではG.pmはただのゲートウェイとして機能し、全Odyssey関数とプラグイン関数をロードし、Skylineコアからデータベースと基礎関数セットが提供される。以下にそれぞれを詳しく説明する。… text/html 2009-03-27T13:46:26+09:00 http://ws.g-language.org/wiki/soap?rev=1238129186&do=diff Base URL * <http://soap.g-language.org/g-language.wsdl> Usage examples in different programming languages Perl use SOAP::Lite; hogehoge Ruby require soap Python import SOAP.py; Java import hogehoge; MyExperiment and Taverna text/html 2009-04-02T20:13:26+09:00 http://ws.g-language.org/wiki/software?rev=1238670806&do=diff lightweight version * Bio::Glite (available at CPAN) This is a lightweight API version (i.e. w/o Shell or other interfaces) utilizing G-language REST web service. The source code is less than 100KB, requires very limited amount of RAM/CPU usage. Installation is very simple using cpan: text/html 2009-04-02T22:58:21+09:00 http://ws.g-language.org/wiki/subopt?rev=1238680701&do=diff English Japanese text/html 2007-08-22T16:01:16+09:00 http://ws.g-language.org/wiki/tool_applications?rev=1187766076&do=diff ・BioPerl(2003/12-gaou) アプリケーション名概要関連論文担当 e-PCR STS mapping software アプリケーション名概要関連論文担当 PROWL Entrez Structure DB Protein and peptide mass spectroscopy PathDB Biochemical pathways Gene Expression Links Microarray EBI Biocatalog Bio related software archive IUBioArchive Bio related software archive Scientific Applications on Linux Linux用科学ソフト集 場所名前ツールDBリンク数説明一般情報 国内： 分子生物学研究用ツール集○○◎○○ Genomic Port×△○△◎ 研究用ツール○○○◎△ 国外：　　　　　　 Molecular Linux 日本語版 -by minori◎×○◎× ENBne… text/html 2007-08-22T15:55:23+09:00 http://ws.g-language.org/wiki/tool_applimemo?rev=1187765723&do=diff データベース名 概要 Bio Catalog アプリケーション調査 TomSchneider アルゴリズム調査 R for Microarray R言語によるマイクロアレイ解析 CPAN dna R言語のゲノム解析モジュール SLRI 類似プロジェクト Darwin 類似プロジェクト EMBOSS 類似プロジェクト JST JST複合スーパーコンピューターで公開しているツール text/html 2007-08-22T16:00:26+09:00 http://ws.g-language.org/wiki/tool_db?rev=1187766026&do=diff データベース名概要関連論文担当調査結果 NCBI Bioinformatics Center 　　 EMBL Bioinformatics Center 　　 PubMed Biomedical literature 　　 GenBank Nucleic acid sequence SRS at EMBL/EBI Nucleic acid sequence Entrez Genome Genome sequence TIGR database Genome sequence GenBank (protein) Protein sequence SWISS-PROT at ExPASy Protein sequence PIR Protein sequence http://pir.georgetown.edu/pirwww/aboutpir/publication.html Protein Data Bank Protein sequence RESID Post-translational modifications h… text/html 2007-08-22T16:02:30+09:00 http://ws.g-language.org/wiki/tool_dbmemo?rev=1187766150&do=diff データベース名概要 WIT Biochemical pathways 2D-PAGE 2D-PAGE Tandem Repeat Occurence Locater タンデムリピート発見ソフトウェア Fungal Genetics Stock Center Database of fungal genes 理研 Portal site for bioinformatics 発現量データベースリスト かなり詳しく網羅的なリンク 調査中データベース ツール班で調査中のデータベース 輪太郎さんのリンク 輪太郎さんのツールやアルゴリズムへのリンク REBASE restriction enzyme database… text/html 2008-04-14T15:59:39+09:00 http://ws.g-language.org/wiki/tutorialcodonusageenglish?rev=1208156379&do=diff The sequence of nucleobase determines the sequence of the amino acid that constitutes protein. Each amino acid is coded with the links(codon) of three of the four nucleobases(A,T/U,G,C). There are 64 ways for the three bases to line up, compared to the twenty types of amino acid that exist. Actually, there are known to be several codons that correspond to an amino acid. In this way, a codon that codes the same amino acid is called a synonym codon. A deflection, peculiar to life species, is known… text/html 2008-04-14T16:31:50+09:00 http://ws.g-language.org/wiki/tutorialcodonusagejapanese?rev=1208158310&do=diff タンパク質を構成するアミノ酸の配列順序を決めるのは、核酸塩基の配列順序です。それぞれのアミノ酸は、4種の核酸塩基（A, T/U, G, C）のうち3塩基の連鎖（コドン） でコードされています。アミノ酸の種類が20種類であるのに対し、3個の塩基の並び方は 4x4x4で64通り考えられます。実際、1つのアミノ酸に複数のコドンが対応すること が知られており、このように、同一のアミノ酸をコードするコドンを 同義コドン （synonymous codon）と呼びます。 同義コドンの使用頻度には、生物種固有の偏りが存在することが知られています。… text/html 2008-04-14T16:02:30+09:00 http://ws.g-language.org/wiki/tutorialgcskewenglish?rev=1208156550&do=diff GC skew is a parameter that represents the amount bias of G and C in a single DNA molecule strand and its formula is (C-G)/(C+G). Chargaff's salt distribution law's second term defines that the quantity of G and C becomes almost the same, this phenomena occurs in the hole genome, but bias can be seen in small set regions. In fact in some bacteria this tendency can be seen to be shifting elegantly in different places, moreover it is known that those places match replication origin/terminus. T… text/html 2008-04-14T16:24:27+09:00 http://ws.g-language.org/wiki/tutorialgcskewjapanese?rev=1208157867&do=diff GC skew とは、一本鎖DNA分子におけるG含量とC含量のバイアスを表す指標で、(C-G)/(C+G) の式で表されます。Chargaffの塩基分配法則の第二項は一本鎖DNA分子においてG含量とC含量はほぼ等しくなると定めていますが、これはゲノム全体においての現象で、細かく区切られた領域ではバイアスが見られます。それどころか、バクテリアの種によっては綺麗にその傾向がシフトする個所がみられ、さらにはその個所が複製開始・終結地点と一致することが多いことが知られています。GC skew という現象が発生する原因には主に二説あり、それらはリーディング鎖とラギング鎖の異なる突然変異確率、そしてコドン使用による変異のバイアスなどによる、としています。… text/html 2009-04-02T22:58:20+09:00 http://ws.g-language.org/wiki/v2roadmap?rev=1238680700&do=diff * 超高速 　新型コアSkylineは単独でbioperlの3.5倍以上の速度でデータベースの読み込みを可能とします。加えてcpu数倍解析を高速化可能な分散コンピューティング機構Infinity、リレーショナルデータベース連動による大規模キャッシングで永続メモリのロードを高速化するBluebirdなどの機能を使えます。